赵万华、董仲元、萧元昌殉难只是劫难的开始，更大的劫难还在后头。

龙骨山先后发掘出5具北京人头盖骨，保藏头盖骨的北平协和医学院原本是一家美国人机构，日军侵占北平后暂时没有进驻。1941年，日美关系日趋紧张，在北平的美国侨民纷纷回国，协和医学院笼罩着不祥的气氛，日军一旦进驻协和医学院“北京人”化石的命运不堪设想。中国地质调查所所长翁文灏与协和医学院行政委员会负责人胡恒德商量解决办法。当时提出三种选择：一是把化石运到重庆——抗战时期民国“陪都”；二是留在北京，找一个妥善的地方秘密收藏起来；三是送往美国暂时保管。考虑到运往重庆辗转千里，在战争环境中，沿途安全无法保障；把化石留在沦陷区的北平，难免随时发生意外；中国地质调查所与北平协和医学院协议规定，周口店发现的人类化石一律不能运出中国，把化石运往美国显然违反了双方的协议。因此一时无法决断。

1941年4月，在协和医学院从事北京人研究工作的魏敦瑞迫于战争形势撤离北平去美国。11月间，魏敦瑞的助手胡承志接到魏敦瑞秘书息式白通知，要求把北京人化石装箱运走，经新生代研究室主任裴文中的同意，胡承志把要转移的化石装入两只大白木箱子，分别标注“CAD1”“CAD2”的字样。木箱内除了北京人头盖骨化石外，还有山顶洞人头骨及骨骼化石，这些都是周口店遗址出土的最有价值的古人类化石，木箱装好后，被送到协和医学院总务长博文的办公室。从此再也没有中国人看到过这两只箱子和里边装的化石。

两只箱子送到总务长办公室当天就被送到Ｆ楼4号保险室，过了一夜又被运走。大约在11月底送至美国大使馆，准备由美国海军陆战队将它们携带到美国纽约自然博物馆，12月5日早上5点，带着“北京人”、山顶洞人化石的海军陆战队的专用列车离开北平，沿“京山铁路”向位于渤海岸边的秦皇岛开去，准备在秦皇岛把化石送上一艘由上海北驶的美国定期航轮哈里逊总统号。这艘船预定12月18日到达秦皇岛。但是，这个计划未来得及实现，12月7日珍珠港事件爆发了，翌日，日军迅速占领了包括协和医学院在内的美国在北平和秦皇岛的机构，海军陆战队的专列在秦皇岛被截，而哈里逊总统号一直没有驶到秦皇岛，它从菲律宾首都马尼拉启航后，中途被一艘日本军舰追逐，在长江附近搁浅了。从此，“北京人”、山顶洞人化石下落不明。

多年来，有着种种关于北京人下落的猜测和传闻：在中国的一对夫妇手中、随“阿波丸”号沉入海底、留在天津美国兵营、埋在北京日坛公园、藏于日本皇宫地下室、埋在秦皇岛地下……虽经多方寻找，均无果而终。

在民族劫难中遗失的“北京人”头盖骨化石究竟在哪里？这个因日本侵华造成的20世纪古人类研究史上的疑案，会不会成为千古之谜？